科学家深入研究土壤多样性
科学家深入研究土壤多样性
微生物群落(包括细菌、单细胞生物和线虫)揭示了关于土壤状态的大量信息。在世界各地,人们在基因水平上对这种生物多样性进行了大量研究,但数据库中记录的信息质量各不相同,限制了研究的进一步深入。德国亥姆霍茨环境研究中心(UFZ)研究人员现在已经建立了一个新的元数据数据库,包含15000多个数据集。该成果近日刊登于《核酸研究》。
目前,超过202000个元基因组可以在微生物学家能够存档研究数据的两个最重要的数据库中找到:MG-Rast和SRA。虽然数据已被分享,但数据集往往是不完整的,而且没有统一的标记等因素,这给研究造成不小的困扰。该研究负责人、UFZ微生物生态学家Ulisses Nunes da Rocha说:“这使有兴趣的用户进一步处理数据变得更加困难。”
Rocha团队现在已经从MG-Ras和SRA数据集中过滤出宏基因组数据,这些数据是由研究人员在世界各地的陆地环境中收集的。他们筛选了从海洋中收集的数据。另外,来自84个国家的森林、草地或底土的15022个元基因组数据集被整合到新的元数据数据库中。
研究人员表示,他们没有为精确描述元数据制定任何新的科学标准,如地理坐标、pH值或温度,而是使用了现有的标准化方法。
元数据库TerrestrialMetagenomeDB已上线,用户最初可以使用6个关键词,例如生物群落的起源、样本类型或数据源来搜索数据库,如果需要,还可以使用另外33个关键词跟踪更具体的数据。
此外,西班牙塞维利亚大学研究人员确认了一种从未被描述过的土壤自然过程。研究人员证明了一些土壤矿物可以通过可见辐射和紫外线将氮氧化物转换为硝酸盐。相关论文近日刊登于《总体环境科学》。
土壤中的氮对于全球可持续性至关重要,尽管人们对自然界中氮循环的基本过程已有100多年的了解,但研究人员提出了一些迄今为止未知的光催化机理:太阳辐射(尤其是紫外线)可以激活土壤中的矿物质,产生活性氧(自由基),从而将氧化氮气体转化为硝酸盐,反之亦然。(来源:中国科学报 唐凤)
相关论文信息:
https://doi.org/10.1093/nar/gkz994
https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2019.134982
版权声明:凡本网注明“来源:中国科学报、科学网、科学新闻杂志”的所有作品,网站转载,请在正文上方注明来源和作者,且不得对内容作实质性改动;微信公众号、头条号等新媒体平台,转载请联系授权。邮箱:shouquan@stimes.cn。
同类文章排行
- В Китае стали использовать спутниковые данны
- 防疫复工两不误,中建埃及新首都CBD项目3400吨钢构件如期到货
- 科学网[转载]席酉民: 扭转“SCI至上”局面需要
- 科学网新冠疫情下的“芯”形势和“芯”机遇
- 科学网【战“疫”说理】疫情防控需要培育安全
- Традиционная китайская медицина широко прим
- В Китае установили новый мировой рекорд по пе
- 本科教育的希望在于课程建设而非学科建设
- 中国元首外交凝聚全球战“疫”信心(环球热点)
- 规范高校人才流动应以“治”代“管”
最新资讯文章
- 合作共享的科技未来值得期待
- “大学之制” 关键在解放学者和学术生产力
- 科学防治 战胜疫情
- 人民日报:中国空间站彰显创新精神
- 科技,就是打赢的底气!
- 防疫复工两不误,中建埃及新首都CBD项目3400吨钢构件如期到货
- 华为在法国开设首家旗舰店
- 南非首例新冠肺炎疑似病例检测呈阳性
- 综合消息:欧洲新冠肺炎疫情呈扩散态势东欧三国首次报告病例
- 美联储“褐皮书”显示新冠疫情对美国经济影响逐步显现
- 美国再次放宽新冠病毒检测条件加州宣布进入紧急状态
- 意大利新冠肺炎病例数破3000暂关闭全国所有学校
- 世卫组织:全球新冠肺炎病例数达9.3万
- 中国元首外交凝聚全球战“疫”信心(环球热点)
- 加州首例新冠肺炎死亡病例10天前刚从游轮下船
- 匈牙利首次确诊两名新型冠状病毒肺炎患者
- 美国新冠肺炎疫情蔓延引担忧
- 世卫组织:防控新冠疫情须成为所有国家的当务之急
- 加强国际合作应对疫情挑战
- 法国政府征用全国口罩